在美丽的阿斯卡岛上，流传着这样一个传说：数千年前，岛民极为害怕红色满月的出现。为了消除恐慌，神赐予岛上的国王盾牌和七星剑，然而当七星剑和红色满月同时出现时，黑暗便会支配整个大地。 暂时落脚阿斯卡岛的草帽海贼团遭到海军追捕，而此时原本守护船只的索隆却离奇消失。在娜美的坚持下，众人重返小岛，却来到一个陌生所在，继而遇见持有三颗美玉的美丽少女玛雅。另一方面，索隆在岛上的海军道场重逢当年的盟友萨卡。由于玛雅的关系，索隆和香吉士大打出手。而这一切，都和萨卡手中持有的七星剑有关。这把传说中的宝剑，其所隐藏的秘密渐渐浮出水面……

草帽海贼团来到汉那巴尔，吃饭的时候奈美注意到老板正和某位海贼在做可疑的交易，一问之下才知道，地下赌场正在举办每年一次的死亡海上竞赛，而且今年的奖金高达3亿贝里，为了寻求奖金和冒险的一行参加决定参加这场比赛。

草帽海贼团的船“黄金梅利号”在悠闲度假大伙眼前被偷走了，后来他们在寻找船的途中遇到一对小偷兄弟，从他们口中打听到小偷是现在统治着发条岛的“扑克牌海贼团”，而小偷兄弟正好也要去偷取岛上著名的“钻石钟”，双方的目标一致，决定联手攻进扑克牌海贼团的大本营，但可怕的头目“大熊王”手中却掌握著攸关整座发条岛生死的巨大发条……

漫画小剧场改编的动画，出现在TV版航海王第279话－TV283话的最后四分钟里，分别为乔巴超人、报导时间、大婶时间、无情无义时间、怪物时间

历史上有一个让海军蒙上污点的罪人。他不仅号称几十年来惟一一个成功从推进城越狱的传说海贼，更是历史上第一个敢大肆侵略海军总部，并给海军造成了巨大损失的人。海军总部为了不损失自己在世界范围内的名誉，只好将他逃狱的事实从历史上彻底抹消，但仍然不免有一些传说在民间不胫而走。 正在向着伟大的航路进发的草帽海贼团，这一天突然听说路飞的故乡东海遭受危机的消息。正当路飞打算中断旅程返回东海的时候，有着恶魔果实能力的海贼“金狮子史基”乘着飞空海贼船出现在众人面前，并强行带走了精通航海术的娜美。 与金狮子正面火拼的草帽海贼团，赫然发现这个强大得难以想象的对手，竟然正是曾让海军蒙羞的，从推进城越狱成功并侵犯海军总部的传说中的海贼……

传说中的黄金大盗乌南，带着大批黄金隐居到某座岛屿，之后生死不明，向着伟大航道持续前进的的路飞一行人，遇到了梦想成为乌南的部下的少年托比欧，他因为不愿继承爷爷经营的摊位，和爷爷闹的很不愉快，而爱黄金成痴的海贼艾拉德哥也正窥视著乌南埋藏的黄金……

草帽一伙正在享受着快乐时光，奈美却突然发起高烧，一病不起。为了治好她的病，众人扬帆来到了冬岛铁桶王国，路飞背着奈美上山寻找岛上唯一的魔女医生——古蕾娃，以及她的助手托尼托尼·乔巴。与此同时，一年前因战乱而弃国逃亡的国王卷土重来，他企图驱逐古蕾娃，重新统治这片土地。一时间战火重燃，盘桓在此的草帽一伙被迫卷入其中……